La ciudad de El Aaiún cuenta con un gran puerto construido en 1980, atiende a las crecientes necesidades del sector pesquero y que permite el transporte del fosfato. Por su parte, la ciudad de Tan Tan dispone de un puerto creado en 1977.

Esta estructura portuaria fue puesta en funcionamiento en 1986 para garantizar el aprovisionamiento de las regiones del Sahara por una parte, y para aprovechar les recursos haliéuticos y minerales de la región.

Estos puertos cuentan con embarcaderos para recibir buques de pesca y de carga destinados a la evacuación de productos de la pesca, plataformas destinadas al almacenamiento y al procesamiento de contenedores y de espacios reservados para la reparación de buques.

Dada la naturaleza de la costa sur del Sahara, marcada por el encenagamiento que afecta la explotación, los puertos de estas zonas disponen de medios técnicos de alta tecnología para luchar contra este fenómeno.

Igualmente, la actividad comercial proporcionada por los puertos de las provincias del sur del Reino (Sidi Ifni, Tan Tan, Laayoune, Dakhla, Boujdour y Tarfaya) muestra un desarrollo sostenido acompañando la dinámica económica que conoció la zona, permitiendo generar miles de oportunidades de empleo directos e indirectos.